Der heutige Zustand der Werra ist eine Folge des Abbaus von Kalisalzen im Werratal. Diese weltweit nachgefragten Salze werden in der Düngemittelindustrie weiterverarbeitet. Jedoch werden beim Abbau auch noch andere lösliche Salze und Mineralien gefördert, die für die weitere Verarbeitung nicht benötigt werden. Eine Art der Entsorgung dieser gelösten Abfallsalze ist die Einleitung in die Werra an verschiedenen Stellen. Dies geschieht in Dorndorf und Heringen. Seit 2007 muss der Fluss auch die Lauge aus dem Fuldaer Revier aufnehmen.

40 g Salz pro Liter. Das war der Höhepunkt der Wasserverschmutzung der zu Zeiten der Teilung Deutschlands nach dem Ende des 2. Weltkrieges gemessen wurde. Nach der Wiedervereinigung wurde klar, dass eine Änderung dieses katastrophalen Zustandes herbeigeführt werden muss. So verpflichtete sich die K+S Kali GmbH bestimmte Grenzwerte einzuhalten, mit dem Ziel der "Entsalzung" der Werra. Die Versprechen, die K+S mit dem sogenannten „360-Millionen-Euro-Maßnahmenprogramm“ machte, wurden jedoch nie eingehalten; die Ziele der Wasserrahmenrichtlinie nie erreicht.